La situación de ocupación en la que se encuentra gran parte del territorio y su estatus de nación sin estado y en proceso de independencia condiciona en gran medida, según diversas organizaciones, la vida de los ciudadanos palestinos. Esta situación ha sido denunciada por organizaciones desde diversos ámbitos: organizaciones pro-derechos humanos (Amnistía Internacional, Intermón-Oxfam, UNICEF), organizaciones y partidos politícos, entre otras. Estas organizaciones consideran que los actos cometidos por algunas instituciones de Israel como la construcción del Muro de Cisjordania, los asesinatos selectivos, la destrucción de casas y la construcción de asentamientos en Cisjordania constituyen una violación de los derechos de los ciudadanos palestinos.

Naciones Unidas mantiene una Oficina para la Coordinación de la Ayuda Humanitaria en los Territorios Ocupados Palestinos (OCHAOPT en sus siglas inglesas) que realiza periódicamente informes analizando la situación humanitaria en los Territorios.

El 5 de junio de 2007, Amnistía Internacional presentó un informe titulado Israel y los Territorios Palestinos Ocupados: 40 años de ocupación, no hay seguridad sin derechos básicos en el que denuncia los abusos que, según la organización, se han cometido contra la población palestina desde la Guerra de los seis días.